チッソがアセトアルデヒドの生産を開始したのは、1932年（昭和7年）です。

水俣病の公式確認は、1956年（昭和31年）となっていますが、最初の患者を報告した細川一氏は、同様の患者の発生を1953年（昭和28年）までさかのぼりました。また、熊本大学第二次水俣病研究班の調査では、戦前の1942年（昭和17年）に患者が発生していた可能性がいわれています。

水俣病の原因は、工場から排出されたメチル水銀です。

このメチル水銀に汚染された魚介類を、経口的に摂取することにより、水俣病が起こります。

水俣病はウイルスや細菌による感染症ではありませんので、感染することはありません。

メチル水銀中毒症について、現在のところ、明確な遺伝性を示す症例報告はありませんが、アメリカのNRC（National Research Council）がまとめた報告では、メチル水銀の遺伝子影響については未確定（inconclusive）としています。

1956年の公式確認当時、ハンター・ラッセル症候群といって、運動失調、視野狭窄、言語障害、難聴などの中枢神経症候をきたした人々が患者として認識されていました。重症例では、意識障害やけいれんを起こして死亡しました。しかし、その後、これらすべての症状がそろっていない患者が存在することが判明しました。

現在に見られる成人曝露による慢性水俣病では、感覚障害が主な症状となり、重症になると、体幹失調、上下肢の失調、視野狭窄、といった具合に重複してくることが多くなります。中毒症ですから、メチル水銀の摂取量や個人差などにより、曝露両死に至る重篤なもの、典型的な徴候をすべて呈するものから、軽症例や徴候の全てをそろえていない非典型例まで、さまざまな症状の程度や段階、あるいは病型やパターンがあります。

また、メチル水銀が主として障害する中枢神経は、機能障害を神経細胞の障害を神経細胞ネットワークで補おうとする働きが存在すると考えられます。したがって、その人の認知行動パターンにより、障害が強く表現される機能とそうでない機能が変化する可能性があり、全体的な症状傾向がある中でも、症状の個人差があるといえます。

水俣病患者の補償を受けるとき、現在2つの方法があります。一つは「水俣病認定申請」で、行政が設置した水俣病認定審査会で行政認定を受け、公健法に基づく補償協定を結んで補償を受ける方法です。認定された場合、A～Cランクがあり、1,800～1,600万円の一時金、調整手当、医療手当、介護費、介護手当、温泉・鍼灸・マッサージ治療費などがありますが、現在、水俣病認定審査会で認定される可能性はほとんどないと言ってよいでしょう。

もう一つは水俣病特措法に基づく「被害者手帳」という制度です。汚染地域に国が指定する汚染地域に一定期間居住し、汚染地域の魚介類を摂取し、四肢末梢または全身性の感覚障害を有していることがその条件です。水俣病あるいは神経疾患を診療できる医師に、四肢末梢または全身に感覚障害があるという診断書を作成してもらう必要があります。「被害者手帳」では、医療費の自己負担分についてと、鍼灸費用の一部についての補償が得られます。

これらの制度とは別に、医療手帳というのがありますがこの制度による新たな認定はありません。これは、1986（昭和61）年から始まった特別医療事業という制度を引き継ぎ、1995年の政治解決のときに、260万円の一時金と、医療費自己負担分の補償などがなされています。

水俣病で行政の補償に関係してきた人数は、2016年2月末現在、以下の通りです。

特措法の施行後、行政は、特措法該当者の数は法律が終了するまで公表しないと述べています。
行政が救済した人は5万人以上になると考えられます。
実際には、これらの制度にかかわってこなかった生存者、死亡者を加えれば、被害者の数は数10万人にのぼる可能性があります。

メチル水銀は、腸管から吸収され、血液中を運ばれ、血液脳関門（BBB）を通過し、大脳・小脳などの中枢神経系に取り込まれていきます。感覚、運動、知能、精神活動のどれもが影響を受けます。 成人曝露では、脳細胞の中でも、比較的小型の細胞が障害されると言われています。そのような小細胞は、身体各部からの感覚情報を受け取る大脳皮質第4層に多く、そのことが、水俣病で感覚障害をきたしやすい原因となっていると考えられています。また、胎児曝露では、このような選択性が低く、大脳・小脳・脳幹全体が障害されうることがわかっています。 中枢神経系以外にも、腎臓などにメチル水銀が集積することが分かっていますが、腎障害との関連は、明らかになっていません。悪性疾患の発生との関連が明らかなものはないようです。メチル水銀の濃厚汚染時期に、男児の出生率が低下したことが報告されていますが、メチル水銀の環境ホルモン作用についても議論があるところです。

急性期治療では、水銀キレート剤の投与がいわれていますが、現在の患者の多くは慢性期患者であり、キレート剤の効果はありません。慢性期の治療としては、対症療法が主体となります。薬物療法、物理療法・運動療法などのリハビリテーションなどを行います。

水俣周辺地域の海域のメチル水銀汚染は、濃厚汚染時期よりは改善していますから、全体として、昭和30～40年代に曝露を受けた人々でみられる程度の症状が平均的に出現するということはないのではないかと思われます。ただし、メチル水銀の曝露量と健康障害との関係は、いまだに解明されておらず、メチル水銀による健康影響がないと断言することはできません。また、これまでメチル水銀の影響を受けてこられた人々については、低濃度であっても、影響が存在する可能性があると思われます。

2004（平成16）年、基準値を超えた水俣湾の魚が報告されました。私たちの調査では、現在でも近海の魚介類を摂取しておられる住民の中で、毛髪水銀が10ppmを超える方がおられます。毛髪水銀値10ppm未満の低濃度メチル水銀による成人および胎児への影響がいわれている中で、やはり、安全と言い切ることはできないと思われます。